Dejtonskim sporazumom je dogovoreno postojanje dva entiteta. Prvi čini Republika Srpska s 49% državnog teritorija, a 51% čini bosanskohercegovačka Federacija BiH.

Dogovoreno je da u BiH postoje tri konstitutivna naroda, a to su Srbi, Bošnjaci i Hrvati. Bošnjaci i Hrvati čine Federaciju BiH.

Ovaj sukob završio je sporazumom potpisanim 18. ožujka 1994. godine u Washingtonu. Sporazum je predvidio stvaranje Federacije BiH i obnovu vojne suradnje BiH i Hrvatske.

Na čelu Republike Hrvatske u ožujku 1994. godine bio je predsjednik Franjo Tuđman, koji je potpisao Sporazum. Za Bosnu i Hercegovinu je potpisnik bio predsjednik Alija Izetbegović.

Nakon što je došlo do povlačenja JNA iz BiH, u proljeće 1992. oružje je odlukom Predsjedništva SFRJ ostavljala srpskim pobunjenicima. Tako je došlo do prvih ratnih sukoba u ožujku 1992. godine, a ubrzo se rat proširio na cijelu BiH.

Muslimansko i bošnjačko stanovništvo se po uzoru na Hrvatsko vijeće obrane organiziralo i preuzelo Teritorijalnu obranu BiH, što je preraslo u vojnu formaciju Armije BiH.

BiH je proglasila samostalnost 3. ožujka 1992. godine.

Kao i u Hrvatskoj, srpske su snage u BiH u siječnju 1992. godine proglasile svoju republiku, s namjerom da se ta republika s vremenom pridruži Srbiji.

Jedan od najteže stradalih gradova u ratu u BiH bilo je Sarajevo, okupirano 6. travnja 1992. godine. Pod opsadom je bilo preko 1000 dana, a stradalo je preko 5000 civila i 6000 branitelja.

Rat u BiH počinje u listopadu 1991. godine, kada JNA i srpsko-crnogorske postrojbebzapalile hrvatsko selo Ravno.

Jedan od najvećih genocida u BiH počinjen je u Srebrenici 1995. godine, gdje su bosanski Srbi ubili preko 8000 Bošnjaka, uglavnom muškaraca i dječaka. Masovne grobnice otkopavaju se i danas kako bi se identificirali ostatci, a Međunarodni kazneni sud za zločine na području Jugoslavije označio je događaj u Srebrenici kao genocid.

Splitska deklaracija označila je dogovor hrvatskih i bošnjačkih snaga, kojim je Republika i Federacija BiH uputila poziv u pomoć Hrvatskoj za vojnu i drugu pomoć, a posebno u obrani Bihaća. Hrvatska je prihvatila poziv i dogovorena je suradnja.

U američkoj zrakoplovnoj bazi Dayton je 20. studenog 1995. godine došlo do postizanja mirovnog sporazuma i potpisivanja Općeg okvirnog sporazuma o miru u BiH, no mirovni sporazum je potpisan tek u Parizu iste godine.

Kako bi se priključili Srbiji, Srbi u BiH proglasili su Srpsku Republiku BiH, tj. Republiku Srpsku, a Hrvati kao odgovor na to u studenom 1991. Hrvatsku zajednicu Posavine, Hrvatsku zajednicu Heceg-Bosnu, a u siječnju 1992. g. Hrvatsku zajednicu Središnje Bosne.

Teritorij BiH bio je strateški važan i za napade na Hrvatsku, a kasnije i za okupiranje teritorija BiH.

Kao i u Hrvatskoj, i građani BiH su izašli na referendum. U veljači 1992. održao se referendum, na kojem su se Bošnjaci i Hrvati izjasnili za stvaranje neovisne države. Tako su države EZ-a priznale 1992. godine neovisnost BiH.

Potpisivanjem sporazuma bošnjačka i hrvatska strana pristale su na obnovu vojne suradnje i tako udružene uspjele su srpskim snagama nanijeti niz poraza tijekom 1995. godine i tako potaknuti srpsko vodstvo na pregovore i kraj rata u BiH.

Daytonski sporazum podijelio je BiH na dva entiteta, među kojima je jedan Federacija BiH, a drugi Republika Srpska. Kao posebni status izdvojen je Distrikt Brčko.

Rat u BiH počinje u listopadu 1991. godine, kada JNA i srpsko-crnogorske postrojbe zapalile hrvatsko selo Ravno.

JNA je u BiH svoje naoružanje predala Republici Srpskoj, a to je napravila i u Republici Hrvatskoj. Naime, JNA je dekretom Predsjedništva SFRJ prestala postojati u svibnju 1992. godine.

Građani BiH su na referendumu odlučili o samostalnosti BiH umjesto o ostanku u Jugoslaviji. BiH je proglasila samostalnost 3. ožujka 1992. godine, a podržali su ih Europska zajednica, Hrvatska i SAD.

Hrvati u BiH otpočetka rata su se organizirali u Hrvatsko vijeće obrane, kao obrambene vojne jedinice. U suradnji s Armijom BiH oslobodili su većinske dijelove BiH i dovele do kraja rata. Na referendumu su se Hrvati u BiH izjasnili za neovisnost BiH, a neovisnost je podržala i Republika Hrvatska.

Bošnjaci su htjeli BiH urediti tako da oni imaju glavnu riječ, a hrvatska politika je bila za uspostavu triju teritorijalnih jedinica. Zato dolazi do sukoba Armije BiH i HVO u svibnju 1993. godine.

U travnju 1992. hrvatska područja su s namjerom zaštite od velikosrpske agresije osnovala Hrvatsko vijeće obrane (HVO), kao obrambenu vojnu formaciju na području BiH. U početku je u HVO-u bio veći broj Bošnjaka.

Srpski narod u BIH organizirao se u Vojsku Republike Srpske. Pod svojom je kontrolom ova vojska imala dvije trećine BiH teritorija.

Potpisnici Daytonskog sporazuma bili su predstavnici triju konstitutivnih naroda u BiH, a to su Franjo Tuđman za Hrvate, Alija Izetbegović za Bošnjake te Slobodan Milošević za Srbe.

Washingtonski sporazum potpisan 18. ožujka 1994. godine dogovorio je stvaranje Federacije BiH koja je stvorena 30. ožujka 1994. godine.