Kao i u Hrvatskoj, i građani BiH su izašli na referendum. U veljači 1992. održao se referendum, na kojem su se Bošnjaci i Hrvati izjasnili za stvaranje neovisne države. Tako su države EZ-a priznale 1992. godine neovisnost BiH.

Srpski narod u BIH organizirao se u Vojsku Republike Srpske. Pod svojom je kontrolom ova vojska imala dvije trećine BiH teritorija.

Koridor je bio cestovni pravac koji je prolazio bosanskim dijelom Posavine, a imao je važnost jer je povezivao Srbe iz Hrvatske i dijela BiH sa Srbijom. Zato im je bilo važno kontrolirati to područje.

Hrvati u BiH otpočetka rata su se organizirali u Hrvatsko vijeće obrane, kao obrambene vojne jedinice. U suradnji s Armijom BiH oslobodili su većinske dijelove BiH i dovele do kraja rata. Na referendumu su se Hrvati u BiH izjasnili za neovisnost BiH, a neovisnost je podržala i Republika Hrvatska.

U ljeto 1991. godine područje Bosne i Hercegovine postalo je važno za srspke snage i JNA jer bi iz BiH bila jednostavnija agresija na Hrvatsku. Tako je daljnji ratni plan uključivao osvajanja u BiH.

Potpisivanjem sporazuma bošnjačka i hrvatska strana pristale su na obnovu vojne suradnje i tako udružene uspjele su srpskim snagama nanijeti niz poraza tijekom 1995. godine i tako potaknuti srpsko vodstvo na pregovore i kraj rata u BiH.

Bošnjaci su htjeli BiH urediti tako da oni imaju glavnu riječ, a hrvatska politika je bila za uspostavu triju teritorijalnih jedinica. Zato dolazi do sukoba Armije BiH i HVO u svibnju 1993. godine.

Kao i u Hrvatskoj, srpske su snage u BiH u siječnju 1992. godine proglasile svoju republiku, s namjerom da se ta republika s vremenom pridruži Srbiji.

Dejtonskim sporazumom je dogovoreno postojanje dva entiteta. Prvi čini Republika Srpska s 49% državnog teritorija, a 51% čini bosanskohercegovačka Federacija BiH.

Dogovoreno je da u BiH postoje tri konstitutivna naroda, a to su Srbi, Bošnjaci i Hrvati. Bošnjaci i Hrvati čine Federaciju BiH.

Muslimansko i bošnjačko stanovništvo se po uzoru na Hrvatsko vijeće obrane organiziralo i preuzelo Teritorijalnu obranu BiH, što je preraslo u vojnu formaciju Armije BiH.

U Parizu su u prosincu 1995. godine predsjednici Hrvatske, Bosne i Hercegovine te Srbije potpisali mirovni sporazum dogovoren u Daytonu.

U američkoj zrakoplovnoj bazi Dayton je 20. studenog 1995. godine došlo do postizanja mirovnog sporazuma i potpisivanja Općeg okvirnog sporazuma o miru u BiH, no mirovni sporazum je potpisan tek u Parizu iste godine.

Nakon referenduma u BiH u kojem su se građani izjasnili za neovisnost BiH, Europska zajednica je 6. travnja 1992. godine BiH priznala neovisnost. Poslije toga su je priznale SAD i Hrvatska.

Stvaranje srpske i hrvatske upravne jedinice unutar BiH bilo je u skladu s planom međunarodne zajednice o tri upravne jedinice - hrvatskoj, bošnjačkoj i srpskoj.

U travnju 1992. počela je otvorena sprska agresija na BiH, no to se tumači samo kao nastavak rata u Hrvatskoj jer je i rat u BiH zajedno s ratom u Hrvatskoj imao za cilj stvaranje Velike Srbije.

U travnju 1992. hrvatska područja su s namjerom zaštite od velikosrpske agresije osnovala Hrvatsko vijeće obrane (HVO), kao obrambenu vojnu formaciju na području BiH. U početku je u HVO-u bio veći broj Bošnjaka.

JNA je u BiH svoje naoružanje predala Republici Srpskoj, a to je napravila i u Republici Hrvatskoj. Naime, JNA je dekretom Predsjedništva SFRJ prestala postojati u svibnju 1992. godine.

Hrvati u BiH su počeli stvarati hrvatske zajednice koje su imale namjeru zaštititi Hrvate, ali i ostale građane u BiH. Hrvatske zajednice nisu imale namjeru narušiti suverenost i cjelovitost BiH, ali su se ipak na kraju udružile u Hrvatsku republiku Herceg-Bosnu.

Rat u BiH počinje u listopadu 1991. godine, kada JNA i srpsko-crnogorske postrojbe zapalile hrvatsko selo Ravno.

Ujedinjenje više hrvatskih zajednica je u kolovozu 1993. godine nastala hrvatska upravna jedinica u BiH pod nazivom Hrvatska Republika Herceg-Bosna. Podržana je i od Republike Hrvatske.

Na čelu Republike Hrvatske u ožujku 1994. godine bio je predsjednik Franjo Tuđman, koji je potpisao Sporazum. Za Bosnu i Hercegovinu je potpisnik bio predsjednik Alija Izetbegović.

Federacija Bosna i Hercegovina trebala je biti uspostavljena kao zajednički entitet Hrvata i Bošnjaka u Bosni i Hercegovini. Federacija BiH postoji i danas, a srpski dio je izdvojen u Republiku Srpsku.

Mnogi smatraju Dejtonski sporazum nepravednim jer je Republika Srpska dobila čak 49% teritorija BiH, što je puno više nego što je demografski trebalo pripasti s obzirom na područja u kojima stanuju Srbi. Tako su dobili više područja nego što su prije rata Srbi naseljavali.

Hrvatska Republika Herceg-Bosna proglašena je u kolovozu 1993. godine, a obuhvaćala je većinski hrvatsko stanovništvo. Ukinuta je 1996. godine, kad je postala dijelom Federacije BiH.

Ovaj sukob završio je sporazumom potpisanim 18. ožujka 1994. godine u Washingtonu. Sporazum je predvidio stvaranje Federacije BiH i obnovu vojne suradnje BiH i Hrvatske.