Srpske snage su na većini područja koja su okupirale provodile etničko čišćenje, odnosno obračunavale se sa svima koji nisu srpske narodnosti. Tako su pronađene višestruke masovne grobnice u koje je pokopano nesrpsko stanovništvo.

Srpske snage su nakon okupacije Vukovara iz vukovarske bolnice odvele preko 200 ranjenika i bolesnika, ali i medicinskog osoblja te ih na Ovčari u noći s 20. na 21. studeni ubili i zatrpali u zajedničku masovnu grobnicu. Među odvedenima se 66 osoba i dalje smatra nestalima.

Isti dan kad je počela i okupacija Vukovara, 18. studenog 1991. godine, srpske snage zauzele su u zaleđu Zadra mjesto Škabrnja te i tamo na okrutan način ubili Hrvate. Ubili su većinom civile i nekoliko branitelja. Škabrnja je puno pretrpjela u ratu, a imala je najmanje 86 žrtava. Dan nakon Škabrnje, isto su učinili i u selu Nadin.

U logorima su se prema zarobljenicima ponašali tako da su ih mučili, mlatili, izgladnjivali, a tamo bi boravili mjesecima. Neki su dobili ozljede koje će nositi do kraja života. Mnogi su i umrli u logorima jer se vode nestalima.

Podatci se kreću od 12 884 do 14 154 poginule osobe, među kojima su i hrvatski vojnici i civili. Među tim brojkama nalazi se oko 300 stradale djece. Ukupni broj ranjenih je gotovo dvostruki, a iznosi oko 30 000 osoba. I dalje se neke osobe smatraju nestalima.

Ratom su oštećeni ili potpuno uništeni brojni spomenici i kulturna baština, od brojnih gradova, preko umjetničkih djela koja su pokradena do razaranja prometne infrastrukture. Hrvatska se zbog svega toga poslije rata jako sporo oporavljala.

Koncentracijske logore su osnivale JNA i srpske vlasti kako bi imale gdje poslati hrvatske zarobljenike. U logorima su ljude mučili, izgladnjivali, neki su pušteni nakon nekog vremena, a neki su tamo i umrli ilii ubijeni.

Prema brojkama koje iznose međunarodne organizacije, kroz srpske logore je prošlo 7708 logoraša, no te su brojke puno veće jer je to brojka koja govori o evidentiranim osobama, a njihov stvarni broj je bio puno veći.

Ovčara je u vrijeme Domovinskog rata pretvorena u srpski koncentracijski logor, a tu su zatočeni hrvatski branitelji, ranjenici i medicinsko osoblje vukovarske bolnice nakon okupacije Vukovara. Ovčara je bila farma ili poljoprivredno dobro, a tu je ubijeno i u masovnu grobnicu pokopano oko 200 ljudi.

Područje koje se naziva Banovina prostor je između Save i Une, a zauzima uglavnom Sisačko-moslavačku županiju. Na tom području pronađeno je najviše masovnih grobnica u koje su srpske snage pokopale ubijene u procesima etničkog čišćenja.

Pojedini su Hrvati činili isto što i Srbi, obračunavali se na krvavi način s pripadnicima srpske narodnosti. Tako su nakon početka agresije 1991. neki ubijali Srbe i uništavali njihovu imovinu iz odmazde.

Agresija je utjecala na negativni razvoj gospodarstva jer je uništeno oko 25% prijeratnih gospodarskih kapaciteta. Hrvatska je za razvoj i oporavak imala velike troškove jer je uništen veliki dio spomeničke i umjetničke baštine, ako i gospodarskih građevina.

Hrvatske vlasti su nakon početka Oluje pozivale sve da ostanu u svojim domovima, no srpsko stanovništvo je masovno odlazilo s okupiranih područja Hrvatske. Dio ih se vratio, no veliki dio je i dalje ostao živjeti u Srbiji i Bosni i Hercegovini.

Etničko čišćenje pojam je koji se odnosi na ubijanje, protjerivanje ili prisilno preseljavanje nekog naroda s nekog područja kako bi se ostvarila izmjena narodnog sastava tog područja. Etničko čišćenje u Domovinskom ratu provodili su Srbi na okupiranim područjima.

Nedaleko od Požege, u mjestu Voćin u zapadnoj Slavoniji, počinjen je jedan od većih zločina u Domovinskom ratu. I tu je kao i drugim mjestima u Hrvatskoj počinjeno etničko čišćenje nesrpskog stanovništva. Osim u Voćinu, veliko etničko čišćenje počinjeno je na Ovčari, u Škabrnji i u Baćinu.

Koncentracijskih logora bilo je na čitavom okupiranom području Hrvatske, ali najviše ih je bilo na području istočne Slavonije. Na području Vukovara osnovano je više logora kao što su Ovčara i Velepromet. Ljudi su prevoženi i u Srbiju, u tamošnje logore.

Srpske snage su se prema stanovnicima okupiranih područja uglavnom ponašali tako da su ih protjerali. Prognanici bi tako morali tražiti nova mjesta za život, a Hrvatska je za to morala davati velik novac. Do kraja 1991. godine u Hrvatskoj je bilo oko 536 000 prognanika.

Oko 9000 Srba u Hrvatskoj kao rezultat nepodržavanja velikosrpske politike priključio se hrvatskim postrojbama u obrani Hrvatske, kao što su to učinili i pripadnici ostalih nacionalnih manjina u Hrvatskoj. Tako da nisu svi Srbi u Hrvatskoj podržavali velikosrpsku politiku i smatrali su Hrvatsku svojom domovinom.