Mnogi smatraju i danas da je Daytonski sporazum potpisan na korist srpskog stanovništva jer je ovim sporazumom Srbima pripalo 49% teritorija, a druga polovica Hrvatima i Bošnjacima. Oba teritorija imaju određen stupanj samostalnosti. Srpski teritorij nazvan je Republika Srpska, a ostatak Federacija BiH.

Na područje okupiranih područja Hrvatske raspoređene su UNPROFOR snage, što su zapravo bile zaštitne snage Ujedinjenih naroda. Zadatak UNPROFOR-a je bio razoružati srpske snage i omogućiti povratak ljudima. Ove su snage nosile plave kacige, pa ih se češće i zvalo plavim kacigama.

Od početka rata JNA je postala sredstvo srpske politike i vojna snaga srpskih pobunjenika, s kojima su surađivale i paravojne postrojbe kao što su četnici.

UNPROFOR snage nisu postigle svoju mirovnu misiju da spriječe nastavak rata i omoguće povratak ljudi svojim kućama. Rat se nastavio do 1995. godine, a ljudska prava kršila su se i s hrvatske i sa srpske strane. Misija UNPROFOR-a izazivala je podijeljena mišljenja među ljudima.

Kada je 1992. godine počeo rat u Bosni i Hercegovini, došlo je do napada na gradove Hrvatske koji se nalaze uz granicu s BiH. Tako su u ratu stradali i Slavonski Brod i Županja.

Maslenica je poveznica sjeverne i južne Hrvatske pa ju je bilo važno osloboditi. Tako je u siječnju 1993. počela operacija Gusar ili Maslenica, kojom je oslobođeno zadarsko zaleđe, Maslenica i zrakoplovna luka Zemunik. Time su sjever i jug ponovno prometno povezani.

Hrvatski sabor je 8. listopada 1991. donio odluku o prekidu svih državnih i pravnih veza sa SFRJ i proglasio samostalnost Hrvatske. Time je Hrvatska istupila iz Jugoslavije i postala neovisna. Neovisnost su zatim proglasile i druge zemlje Jugoslavije.

U srpnju 1995. Hrvatska vojska i Armija BiH dogovorile su savezništvo, koje je kao rezultat imalo oslobođenje 5000 kilometara četvornih BiH. Time se i ratni sukob mogao završiti, a okončan je Daytonskim sporazumom.

Mirovni sporazum u Daytonu predstavljao je kraj rata u BiH. Stoga su taj sporazum potpisali predstavnici triju država koje su se našle u sukobu. Daytonski sporazum potpisao je hrvatski predsjednik Franjo Tuđman, bosanskohercegovački predsjednik Alija Izetbegović i srpski predsjednik Slobodan Milošević.

Sukob Bošnjaka i Hrvata doveo je do velikog stradavanja civila, a velike borbe su se dogodile u Mostaru, koji je bio podijeljen na bošnjački i hrvatski dio. U tim borbama srušen je most koji je izgrađen u 16. stoljeću.

Republika Hrvatska postala je 178. članica Ujedinjenih naroda 22. svibnja 1992. godine. Ovime je Hrvatska u potpunosti međunarodno priznata kao samostalna država.

Operacijom Tigar u svibnju 1992. izvršena je deblokada Dubrovnika. Operacija Čagalj za rezultat je imala oslobođenje doline Neretve, a operacija Oslobođena zemlja oslobođenje dubrovačkog primorja.

Srpski vojni general Ratko Mladić je u srpnju 1995. godine s vojskom dao ubiti preko osam tisuća bošnjačkih zarobljenika. Taj genocid odnosio se na dječake i muškarce. Međunarodni sud za ratne zločine označio je ovaj događaj kao genocid, a 11. srpnja proglašen je kao Dan sjećanja na genocid u Srebrenici.

Srpske snage su s okupiranih područja provodile progone stanovništva. Mnogi su zatvarani i u koncentracijske logore gdje bi bili izgladnjivani i zlostavljani, pa su umirali od tih posljedica.

Primirje koje je posredstvom međunarodne zajednice sklopljeno 1992. godine zapravo je bilo prividno. Snage UNPROFOR-a došle su na okupirana područja i dogovoreno je da se okupirana područja moraju s vremenom vratiti pod hrvatski nadzor, ali da Hrvati moraju srpskoj nacionalnoj manjini jamčiti njihova manjinska prava.

Ratni sukob u BiH završio je krajem 1995. godine tako što su u američkom gradu Daytonu mirovni sporazum potpisali srpski, bosanskohercegovački i hrvatski predsjednik.

Europska zajednica kao zajednica europskih država priznala je 15. siječnja 1992. godine Hrvatsku kao samostalnu i suverenu državu. To je bio prvi korak k cjelovitom međunarodnom priznanju Hrvatske. U travnju je i SAD priznala Republiku Hrvatsku.

UN-ove snage nisu uspjele osigurati povratak prognanika, primirje je prekidano, rat se nastavljao, a Republika Srpska Krajina koja se proglasila na okupiranim područjima nije pokazivala želju za suradnjom s Hrvatskom. Stoga su pokrenute oslobodilačke vojne akcije tijekom 1992. godine.

Kada je Hrvatska međunarodno priznata, priznate su joj njene republičke granice, a to je uključivalo i okupirano područje Republike Srpske Krajine.

U travnju 1992. godine počela je srpska agresija i na Bosnu i Hercegovinu. Hrvatske i bošnjačke vojne snage bile su ujedinjene protiv Srbije, no nakon toga je došlo i do rata između Bošnjaka i Hrvata.

Vatikan je država koja je među prvima priznala Hrvatsku, a papa Ivan Pavao II. podržavao je hrvatsku borbu, što je i pokazao time što je posjetio Hrvatsku 1994. godine dok je rat još trajao.